Молекулярдык биологиянын негизги терминдерин түшүндүрүү
1. cDNA жана cccDNA: cDNA - мРНКдан тескери транскриптаза менен синтезделген кош тизмектүү ДНК;cccDNA - бул хромосомадан эркин болгон плазмиддик эки тилкелүү жабык тегерек ДНК.
2. Стандарттык бүктөлүүчү бирдик: белоктун экинчилик структурасы α-спирал жана β-баракчасы ар кандай туташтыруучу полипептиддер аркылуу өзгөчө геометриялык түзүлүштөр менен структуралык блокторду түзө алат.Белгиленген бүктөлүүнүн бул түрү адатта супер экинчи структура деп аталат.Дээрлик бардык үчүнчү даражалуу түзүлүштөрдү бул бүктөлүүчү типтер, ал тургай алардын бириккен түрлөрү менен да сүрөттөөгө болот, ошондуктан алар стандарттуу бүктөлүүчү бирдиктер деп да аталат.
3. САП: циклдик аденозин монофосфат (cAMP) рецептордук протеин CRP (cAMP рецептордук белок), cAMP жана CRP айкалышынан кийин пайда болгон комплекс активдештирүүчү протеин CAP (cAMP активдештирилген протеин) деп аталат.
4. Палиндромик ырааттуулугу: ДНК фрагментинин сегментинин тескери комплементарлык ырааттуулугу, көбүнчө рестрикциялык ферменттин сайты.
5. micRNA: mRNA ырааттуулугун толуктоочу жана мРНКнын которулушун бөгөттөй турган кошумча интерференциялуу РНК же антисенс РНК.
6. Рибозим: РНКнын сплайсинг процессинде автокаталитикалык ролду ойногон каталитикалык активдүүлүгү бар РНК.
7. Мотив: Белок молекулаларынын мейкиндик түзүлүшүндө окшош үч өлчөмдүү формага жана топологияга ээ болгон кээ бир жергиликтүү аймактар бар.
8. Сигналдык пептид: протеиндин трансмембранасын жетектеген протеин синтези учурунда N-терминуста 15-36 аминокислота калдыктары бар пептид.
9. Аттенюатор: Оператор аймагы менен транскрипцияны аяктаган структуралык гендин ортосундагы нуклеотиддердин ырааттуулугу.
10. Сыйкырдуу чекит: Бактериялар чоңоюп, аминокислоталардын толук жетишсиздигине туш болгондо, бактериялар бардык гендердин экспрессиясын токтотуу үчүн өзгөчө реакцияны жаратат.Бул өзгөчө кырдаалга жооп кайтаруучу сигналдар гуанозин тетрафосфат (ppGpp) жана гуанозин пентафосфат (pppGpp) болуп саналат.PpGpp жана pppGpp ролу бир же бир нече оперондор эмес, алардын көп сандаганына таасир этет, ошондуктан алар супер-регуляторлор же сыйкырдуу тактар деп аталат.
11. Жогорку промоутордук элемент: промоутордун активдүүлүгүндө жөнгө салуучу ролду ойногон ДНК ырааттуулугун билдирет, мисалы -10 чөлкөмүндөгү TATA, -35 аймагындагы TGACA, күчөткүчтөр жана аттенюаторлор.
12. ДНК зонд: белгисиз тизмектерди аныктоо жана максаттуу гендерди экрандаштыруу үчүн кеңири колдонулган белгилүү ырааттуулугу бар ДНКнын белгиленген сегменти.
13. SD ырааттуулугу: Бул которууну жөнгө салуучу рибосома менен мРНКнын милдеттүү ырааттуулугу.
14. Моноклоналдык антитело: бир гана антигендик детерминантка каршы аракеттенген антитело.
15. Космид: Бул фагдын эки учундагы COS аймактарын кармап турган жана плазмида менен туташкан жасалма жол менен курулган экзогендик ДНК вектору.
16. Көк-ак так скрининг: LacZ ген (коддоо β-галактозидаза), энзим хромогендик субстрат X-gal (5-бромо-4-хлоро-3-индол-β-D-galactoside) көк өндүрүү, ошентип, штамм көк кылып ыдыратышы мүмкүн.Экзогендик ДНК киргизилгенде, LacZ генин көрсөтүү мүмкүн эмес, ал эми штамм ак, рекомбинантты бактерияларды текшерүү үчүн.Бул көк-ак скрининг деп аталат.
17. Cis-активдүү элемент: ген экспрессиясын жөнгө салуучу ДНКдагы базалардын белгилүү ырааттуулугу.
18. Кленов ферменти: ДНК полимераза Iнин чоң фрагменти, 5' 3' экзонуклеаза активдүүлүгү ДНК полимераза I голоферментинен алынып салынат.
19. Анкердик ПТР: кызыккан ДНКны бир четинде белгилүү ырааттуулук менен күчөтүү үчүн колдонулат.Белгисиз ырааттуулуктун бир учуна поли-dG куйругу кошулган, андан кийин поли-dC жана белгилүү ырааттуулук ПТР күчөтүү үчүн праймерлер катары колдонулган.
20. Fusion протеин: Эукариоттук белоктун гени экзогендик ген менен байланышкан, ал эми оригиналдуу ген протеининин жана экзогендик протеиндин которулушунан турган протеин бир эле учурда экспрессияланат.
Башка молекулярдык биология терминдери
1. ДНКнын физикалык картасы ДНК молекуласынын (чектөөчү эндонуклеаза сиңирүүчү) фрагменттеринин жайгашуу тартиби.
2. РНазанын бөлүнүшү эки түргө (автокатализ) жана (гетерокатализ) бөлүнөт.
3. Прокариоттордо үч демилге фактору бар (IF-1), (IF-2) жана (IF-3).
4. Трансмембраналык белоктор жетекчиликти талап кылат (сигнал пептиддери), ал эми протеин чаперондорунун ролу (пептиддик чынжырды белоктун түпкү конформациясына бүктөөгө жардам берет).
5. Промоутерлердеги элементтерди жалпысынан эки түргө бөлүүгө болот: (негизги промоутордук элементтер) жана (жогорку промоутер элементтери).
6. Молекулярдык биологиянын изилдөө мазмуну негизинен үч бөлүктөн турат: (структуралык молекулярдык биология), (гендердин экспрессиясы жана жөнгө салынышы) жана (ДНКнын рекомбинациясынын технологиясы).
7. ДНКнын генетикалык материал экенин көрсөткөн эки негизги эксперимент: (чычкандардын пневмококк инфекциясы) жана (Ичерихия таякчасынын Т2 фагынын инфекциясы).потенциал).
8. hnRNA менен мРНКнын ортосунда эки негизги айырма бар: (hnRNA мРНКга айлануу процессинде биригет), (мРНКнын 5' учу m7pGppp капкагы менен кошулат жана мРНК кислотасынын (полиА) куйругунун 3' учунда кошумча полиаденилденүү бар).
9. Протеиндин көп суббирдик формасынын артыкчылыктары (субъект - ДНКны колдонуунун үнөмдүү ыкмасы), (белок синтезиндеги кокус каталардын белоктун активдүүлүгүнө тийгизген таасирин азайтышы мүмкүн), (активдүүлүк абдан эффективдүү жана тез ачылып жабылат).
10. Белоктун бүктөлүүчү механизминин негизги мазмунуна биринчи ядролук теория (нуклеация), (структуралык байытуу), (акыркы кайра түзүү) кирет.
11. Галактоза бактерияларга кош таасир этет;бир жагынан (бул клетканын өсүшү үчүн көмүртек булагы катары колдонулушу мүмкүн);экинчи жагынан (бул да клетка дубалынын бир бөлүгү).Ошондуктан, фон деңгээлинде туруктуу синтез үчүн cAMP-CRP-көз карандысыз промоутер S2 керек;ошол эле учурда жогорку деңгээлдеги синтезди жөнгө салуу үчүн cAMP-CRP-каранды промоутер S1 керек.Транскрипция G менен (S2) жана G жок (S1)ден башталат.
12. Рекомбинантты ДНК технологиясы (ген клондоштуруу) же (молекулярдык клондоо) катары да белгилүү.Акыркы максат (бир организмдеги генетикалык маалымат ДНКсын башка организмге өткөрүп берүү).Типтүү ДНК рекомбинация эксперименти, адатта, төмөнкү кадамдарды камтыйт: (1) Донор организмдин максаттуу генин (же экзогендик генин) бөлүп алып, аны башка ДНК молекуласына (клондоштуруу векторуна) ферменттик түрдө туташтыруу, жаңы рекомбинанттык ДНК молекуласын түзүү.② Рекомбинантты ДНК молекуласы реципиент клеткасына которулат жана алуучу клеткада репликацияланат.Бул процесс трансформация деп аталат.③ Рекомбинантты ДНКны сиңирген алуучу клеткаларды текшериңиз жана аныктаңыз.④Тышкы жардам генинин экспрессияланганын аныктоо үчүн көп санда рекомбинантты ДНКны камтыган клеткаларды өстүрүңүз.
13. Плазмиддердин репликациясынын эки түрү бар: кабыл алуучу клетканын белок синтези катуу көзөмөлдөнгөндөрү (тыгыз плазмиддер), ал эми кабыл алуучу клетканын белок синтези катуу башкарылбагандары (босаңсыган плазмиддер) деп аталат.
14. ПТР реакциясынын системасы төмөнкү шарттарга ээ болушу керек: а.ДНК праймерлери (болжол менен 20 негиздер) бөлүнүүчү максаттуу гендин эки тилкесинин ар бир учунда толуктоочу ырааттуулугу бар.б.Термикалык туруктуулугу бар ферменттер, мисалы: TagDNA полимераза.с, dNTPd, шаблон катары кызыккан ДНК ырааттуулугу
15. ПТРдин негизги реакция процесси үч этапты камтыйт: (денатурация), (аннеализация) жана (узартуу).
16. Трансгендик жаныбарлардын негизги процесси, адатта, төмөнкүлөрдү камтыйт: ①Уруктанган жумуртканын же эмбриондук өзөк клеткасынын ядросуна клондолгон бөтөн генди киргизүү;②Инокуляцияланган уруктанган жумуртканы же эмбриондук клетканы ургаачы жатынына трансплантациялоо;③Толук эмбриондук өнүгүү жана өсүү Бөтөн гени бар тукум үчүн;④ Жаңы гомозиготалуу линияларды көбөйтүү үчүн чет элдик протеиндерди өндүрө ала турган бул жаныбарларды асыл тукум мал катары колдонуңуз.
17. Гибридома клетка линиялары (миелома) клеткалары менен гибриддештирүү (көк боор В) клеткалары аркылуу түзүлөт жана (көк боордун клеткалары) гипоксантинди колдоно алгандыктан жана (сөөк клеткалары) клетканын бөлүнүү функцияларын камсыздайт, аларды HAT чөйрөсүндө өстүрсө болот.өсүү.
18. Изилдөөлөрдүн тереңдеши менен антителолордун биринчи мууну (поликлондук антителолор), экинчи мууну (моноклоналдык антителолор), үчүнчү мууну (гендик инженерия антителолору) деп аталат.
19. Азыркы учурда курт-кумурскалардын вирустарынын гендик инженериясы негизинен бакуловируска багытталган, ал интродукцияда (экзогендик токсин гени);(курт-кумурскалардын кадимки жашоо циклин бузган гендер);(вирустун гендеринин модификациясы).
20. Сүт эмүүчүлөрдүн РНК полимераза II промоторундагы TATA, GC жана CAAT жалпы элементтерине туура келген транс-активдүү протеин факторлору тиешелүүлүгүнө жараша (TFIID), (SP-1) жана (CTF/NF1) болуп саналат.
жыйырма бир.РНК-полимеразанын Ⅱ негизги транскрипция факторлору TFⅡ-A, TFⅡ-B, TFII-D, TFⅡ-E жана алардын байланыш ырааттуулугу: (D, A, B, E).Мында TFII-D функциясы (TATA кутучасына байланыштырат).
жыйырма эки.ДНК менен байланышкан транскрипция факторлорунун көбү димер түрүндө иштешет.ДНК менен байланышуучу транскрипция факторлорунун функционалдык домендери көбүнчө төмөндөгүлөр (спирал-буруу-спираль), (цинк манжа оюму), (негизги-лейцин) сыдырма мотиви).
жыйырма үч.Чектөөчү эндонуклеазанын бөлүнүү режимдеринин үч түрү бар: (5' жабышчаак учтарды пайда кылуу үчүн симметрия огунун 5' тарабын кесип), (3' жабышчаак учтарын пайда кылуу үчүн симметрия огунун 3' тарабын кесип (жалпак сегменттерди түзүү үчүн симметрия огунда кесип) ).
жыйырма төрт.Плазмиддик ДНК үч түрдүү конфигурацияга ээ: (SC конфигурациясы), (oc конфигурациясы), (L конфигурациясы).Электрофорезде биринчиси (SC конфигурациясы).
25. Экзогендик ген экспрессия системалары, негизинен (ичеги таякчасы), (ачыткы), (курт-кумурскалар) жана (сүт эмүүчүлөрдүн клетка таблицасы).
26. Трансгендик жаныбарлар үчүн кеңири колдонулган методдор: (ретровирустук инфекция ыкмасы), (ДНК микроинъекция ыкмасы), (эмбриондук өзөк клеткасынын ыкмасы).
Колдонуу Молекулярдык биология
1. 5тен ашык РНКнын функцияларын атаңыз?
Трансфер РНК тРНК Трансфер аминокислота Рибосома РНК рРНК Рибосома кабарчы РНК мРНК протеин синтези шаблону Гетерогендүү өзөктүк РНК hnRNA Жетилген мРНКнын прекурсору кичинекей ядролук РНК snRNA hnRNA сплайсациясына катышат Чакан цитоплазмалуу RNA-SLNARNA- синтези/ Тездик сигналды таануу дене компоненттери Антисенс РНК anRNA/micRNA Ген экспрессиясын жөнгө салат Рибозим РНК Ферменттик активдүү РНК
2. Прокариоттук жана эукариоттук промоторлордун негизги айырмасы эмнеде?
Прокариоттук TTGACA --- TATAAT------Инициация сайты-35 -10 Эукариоттук күчөтүүчү ---GC ---CAAT----TATAA-5mGpp-Инициация сайты-110 -70 -25
3. Табигый плазмидалардын жасалма курулушунун негизги аспектилери кайсылар?
Табигый плазмидаларда көбүнчө кемчиликтер болот, ошондуктан алар гендик инженерия үчүн алып жүрүүчүлөр катары колдонууга ылайыктуу эмес жана аларды өзгөртүү жана куруу керек: а.Тандоо үчүн колдонууга оңой болгон эки же андан көп сыяктуу ылайыктуу тандоо маркер гендерин, адатта антибиотик гендерин кошуңуз.б.Рекомбинацияны жеңилдетүү үчүн ылайыктуу фермент кесүүчү жерлерди көбөйтүү же азайтуу.в.Узундугун кыскартыңыз, керексиз фрагменттерди кесип алыңыз, импорттун натыйжалуулугун жогорулатыңыз жана жүктөө жөндөмдүүлүгүн жогорулатыңыз.г.Репликонду катуудан бошко, азыраак нускадан көбүрөөк нускага өзгөртүңүз.д.Гендик инженериянын атайын талаптарына ылайык атайын генетикалык элементтерди кошуу
4. Ткандык спецификалык кДНКны дифференциалдык скрининг ыкмасына мисал келтириңиз?
Эки клетка популяциясы даярдалат, максаттуу ген клеткалардын биринде экспрессияланат же жогорку экспрессияланат, ал эми максаттуу ген экинчи клеткада экспрессияланбайт же аз экспрессияланат, андан кийин гибриддештирүү жана салыштыруу жолу менен максаттуу ген табылат.Мисалы, шишиктердин пайда болушу жана өнүгүшү учурунда, шишик клеткалары кадимки клеткаларга караганда ар кандай экспрессия деңгээли бар mRNAларды көрсөтөт.Ошондуктан, шишик менен байланышкан гендер дифференциалдык гибриддештирүү жолу менен текшерилиши мүмкүн.Индукция ыкмасын экспрессиясы индукцияланган гендерди текшерүү үчүн да колдонсо болот.
5. Гибридома клетка линияларын түзүү жана текшерүү?
Көк боордун B клеткалары + миелома клеткалары, клеткалардын биригүүсүнө көмөк көрсөтүү үчүн полиэтилен гликолду (PEG) кошуп, HAT чөйрөсүндө өскөн көк боор B-миелома синтези клеткалары (гипоксантин, аминоптерин, Т камтыган) азыктанууну улантат.Клетка биригүүсүндө: көк боор менен көк боордун биригүү клеткалары бар: өсө албай, көк боор клеткаларын in vitro өстүрүүгө болбойт.Сөөк-сөөк синтези клеткалары: гипоксантинди колдоно албайт, бирок фолий редуктазаны колдонуу менен пуринди экинчи жол аркылуу синтездей алат.Аминоптерин фолий редуктазасын ингибирлейт, ошондуктан өсө албайт.Сөөк-көк боорун бириктирүүчү клеткалар: HAT өсө алат, көк боор клеткалары гипоксантинди колдоно алат, сөөк клеткалары клетканын бөлүнүү функциясын камсыз кылат.
6. Дидеокси терминалдык терминация ыкмасы (Сэнжер ыкмасы) менен ДНКнын биринчилик структурасын аныктоонун принциби жана ыкмасы кандай?
Принцип ДНКнын узартылышын токтотуу үчүн нуклеотиддик чынжыр терминаторун — 2,,3,-дидеоксинуклеотидди колдонуу болуп саналат.ДНК чынжырына киргенден кийин 3/5/фосфодиэфир байланыштарынын түзүлүшү үчүн талап кылынган 3-OH жок болгондуктан, ДНК чынжырын андан ары кеңейтүү мүмкүн эмес.Негизги жупташуу принцибине ылайык, ДНК полимеразага нормалдуу узартылган ДНК чынжырына катышуу үчүн dNMP керек болгондо, эки мүмкүнчүлүк бар, бири ddNTPге катышуу, бул дезоксинуклеотиддик чынжырдын узартылышынын токтотулушуна алып келет;экинчиси dNTPге катышуу, ошентип ДНК чынжыры кийинки ddNTP кошулганга чейин улана берет.Бул ыкмага ылайык, ddNTP менен аяктаган ар кандай узундуктагы ДНК фрагменттеринин тобун алууга болот.Бул ыкма ddAMP, ddGMP, ddCMP жана ddTMP деп төрт топко бөлүнөт.Реакциядан кийин полиакриламиддик гель электрофорези сүзүү тилкелерине ылайык ДНК ырааттуулугун окуй алат.
7. Активатор протеининин (САП) транскрипцияга оң жөнгө салуучу таасири кандай?
Циклдүү аденилат (cAMP) кабылдагыч протеин CRP (cAMP рецептордук белок), cAMP жана CRP айкалышы менен түзүлгөн комплекс CAP (cAMPactivated белок) деп аталат.E. coli глюкоза жетишсиз чөйрөдө өстүрүлгөндө, САП синтези күчөйт жана CAP лактоза (Лак) сыяктуу промоторлорду активдештирүү функциясына ээ.Кээ бир CRP-көз каранды промоутерлор жалпы промоутерлордо болгон типтүү -35 аймак ырааттуулугу өзгөчөлүгүнө (TTGACA) жетишпейт.Ошондуктан РНК полимеразанын ага байланышы кыйын.САПтын болушу (функциясы): энзимдин жана промотордун байланыш константасын кыйла жакшыртат.Ал негизинен төмөнкү эки аспектти көрсөтөт: ① CAP -10 аймагы менен биригип, -35 аймагынын функциясын алмаштыруучу ролду ойноо үчүн промоутордун конформациясын жана фермент менен өз ара аракеттенүүнү өзгөртүү аркылуу ферменттин молекуласына туура багыт алууга жардам берет.②CAP ошондой эле РНК полимеразанын ДНКнын башка сайттары менен байланышына бөгөт коё алат, ошону менен анын белгилүү промоутору менен байланышуу ыктымалдыгын жогорулатат.
8. Кадимки ДНК рекомбинация экспериментине кандай кадамдар кирет?
а.Донордук организмдин максаттуу генин (же экзогендик генин) бөлүп алып, аны башка ДНК молекуласына (клондоштуруу векторуна) энзимдик түрдө туташтыруу, жаңы рекомбинантты ДНК молекуласын түзүү.б.Рекомбинантты ДНК молекуласын реципиент клеткага өткөрүп, репликациялоо жана аны реципиент клеткасында сактоо.Бул процесс трансформация деп аталат.в.Экрандын жана рекомбинантты ДНКны сиңирген алуучу клеткаларды аныктаңыз.г.Чет элдик жардам генинин экспрессияланганын аныктоо үчүн рекомбинанттык ДНКны камтыган клеткаларды массалык түрдө өстүрүү.
9. Ген китепканасын куруу Рекомбинанттарды скринингдин үч ыкмасы келтирилген жана процесс кыскача сүрөттөлгөн.
Антибиотиктерге туруштук берүү скрининги, резистенттиктин инсерциялык инактивациясы, көк-ак так скрининги же ПТР скрининги, дифференциалдык скрининг, ДНК зонд Клондоштуруучу векторлордун көбү антибиотиктерге туруштук берүүчү гендерди (антиампициллин, тетрациклин) алып жүрүшөт.Плазмид ичеги таякчасына өткөндө, бактериялар каршылыкка ээ болот, ал эми өткөрүлбөгөндөр каршылыкка ээ болбойт.Бирок кайра түзүлдүбү же жокпу ажырата албайт.Эки каршылык генин камтыган вектордо гендердин бирине бөтөн ДНК фрагменти киргизилип, гендин активдештирилбей калышына алып келсе, оң рекомбинанттарды текшерүү үчүн ар кандай дарыларды камтыган эки пластиналык башкаруу колдонулушу мүмкүн.Мисалы, pUC плазмидасында LacZ гени бар (β-галактозидазаны коддоочу), ал хромогендик субстратты X-gal (5-бромо-4-хлоро-3-индол-β-D-галактозид) бөлүп, көк түскө ээ кылып, штамм көк түскө айланат.Чет элдик ДНК киргизилгенде, LacZ гени экспрессияланбайт жана рекомбинантты бактерияларды текшерүү үчүн штамм ак болот.
10. Эмбриондук өзөк клеткалары аркылуу трансгендик жаныбарларды алуунун негизги процессин түшүндүрүп бериңиз?
Эмбриондук өзөк клеткалары (ЭМ) – эмбриондун өнүгүү мезгилиндеги эмбриондук клеткалар, алар жасалма жол менен өстүрүлүп, көбөйө алат жана клеткалардын башка түрлөрүнө дифференциациялоо функциясын аткарат.ЭС клеткаларынын маданияты: бластоцисттин ички клетка массасы бөлүнүп, өстүрүлөт.ES азыктандыргычсыз катмарда өстүрүлгөндө, ал булчуң клеткалары жана N клеткалары сыяктуу ар кандай функциялык клеткаларга дифференциацияланат.Фибробласттарды камтыган чөйрөдө өстүргөндө ES дифференциялоо функциясын сактап калат.ЭС генетикалык жактан манипуляцияланышы мүмкүн, ал эми анын дифференциациялоо функциясы анын дифференциациялоо функциясына таасирин тийгизбестен интеграцияланышы мүмкүн, бул кокус интеграция маселесин чечет.Эмбриондук өзөк клеткаларына экзогендик гендерди киргизип, андан соң кош бойлуу ургаачы чычкандардын жатынына имплантациялоо, күчүктөргө айлануу жана гомозиготалуу чычкандарды алуу үчүн кайчылаш.
