Жакында мен укмуштуудай нерсени таптым!Анын тегерегиндеги көптөгөн алдыңкы тажрыйба адистери кээ бир эң негизги эксперименталдык билим пункттарын билишпейт.

Мисалы, сиз төмөнкү суроолорго жооп бере аласызбы?

OD260 жана A260 ортосунда айырма барбы?Ар бири эмнени билдирет?
OD – оптикалык тыгыздыктын (оптикалык тыгыздык) аббревиатурасы, А – аббревиатурасы (абсорбция), эки түшүнүк чындыгында бирдей, “оптикалык тыгыздык” – “жутуу”, бирок “оптикалык тыгыздык” көпчүлүк улуттук стандарттарга ылайык келет жана стандартташтырылган.

Адатта биз нуклеин кислотасынын концентрациясын эсептөө үчүн OD маанисин 260 нмде өлчөйбүз, анда 1OD эмнени билдирет?
Нуклеин кислотасы 260нм толкун узундугунда максималдуу сиңирүү чокусуна ээ, ал ДНКны да, РНКны да, ошондой эле фрагменттелген нуклеин кислотасынын фрагменттерин камтыйт (бул негизги пункт).
260 нм толкун узундугунда өлчөнгөн OD мааниси OD260 катары жазылган.Эгерде үлгү таза болсо, OD260 мааниси нуклеиндик кислота үлгүсүнүн концентрациясын эсептей алат.
1 OD260=50 мкг/мл dsDNA (кош тизмектүү ДНК)
=37 мкг/мл ssDNA (бир тилкелүү ДНК)
=40 мкг/мл РНК
=30 мкг/мл dNTPs (олигонуклеотиддер)
RT-PCR, Realtime-PCR жана QPCR ортосунда кандайдыр бир байланыш жана айырма барбы?
RT-PCR Reverse Transscription PCR деген сөздүн кыскасы
Real Time PCR=qPCR, Quantitative Real Time PCR үчүн кыска
Чыныгы убакыттагы ПТР (реалдуу убакыттагы флуоресценттик сандык ПТР) жана тескери транскрипциялуу ПТР (тескери транскрипциялуу ПТР) экөө тең RT-PCR катары кыскартылгандай көрүнөт.Бирок эл аралык конвенция: RT-PCR өзгөчө тескери транскрипция ПТРди билдирет.

Биологияда ДНК/РНКнын узундугун сүрөттөө үчүн кеңири колдонулган nt, bp жана kb кандай?
nt = нуклеотид
bp = базалык жуп базалык жуп
кб = килобаза

Албетте, бул майда-чүйдөлөргө көп адамдар маани бербейт деп айтмаксыз!Муну баары жасайт жана эч ким сенден бул эмне экенин сурабайт.Бул керексиз экенин билесизби, туурабы?

Жок, Жок, Жок, муну билүү абдан керек!эмне үчүн?
Анткени сиз макала жазгыңыз келет!Байке, ини!Сиз окууну бүтүрүүнү максат кылып жатасызбы же илимий изилдөөлөрдүн жетишкендиктерин көздөп жатасызбы, сүйлөй турган макалаларга таянышыңыз керек!

Нуклеин кислотасын алуу эң жөнөкөй жана эң негизги эксперимент болушу керек.Нуклеин кислотасын экстракциялоонун сапаты кийинки эксперименттердин натыйжаларын түздөн-түз аныктайт.

Канча жолу айтсам да, көңүл бурбаган достор көп.Бул жолу мен макаладан чыгууну чечтим!

Сандык реалдуу убакыттагы ПТР эксперименттерин жарыялоо үчүн минималдуу маалымат, MIQE деп аталат, флуоресценттик сандык ПТР эксперименттерин баалоо жана макалаларды жарыялоо үчүн зарыл болгон эксперименттик маалымат үчүн минималдуу стандарттарды сунуш кылган эл аралык деңгээлде ишке киргизилген флуоресценттик сандык эксперименттин көрсөтмөлөрүнүн жыйындысы.Экспериментатор тарабынан берилген эксперименталдык шарттар жана талдоо ыкмалары аркылуу рецензенттер изилдөөчүнүн эксперименталдык схемасынын негиздүүлүгүн жакшыраак баалай алышат.

Бул нуклеин кислотасын экстракция бөлүмүндө төмөнкү аныктоо пункттары сунушталганын көрүүгө болот,

"Е" берилиши керек болгон маалыматты, ал эми "D" зарыл болгон учурда бериле турган маалыматты көрсөтөт.

Форма абдан татаал, чындыгында ар бир адам өзүнөн башташ керек деп айткым келет

Нуклеиндик кислоталарды ушул төрт аспектиде баалоо үчүн тазалык (D), түшүмдүүлүк (D), бүтүндүк (E) жана консистенциясы (E).

Эксперименталдык адаттар боюнча, адегенде тазалыкты жана концентрацияны баалоо ыкмалары жөнүндө сөз кылыңыз.

OD өлчөө экспериментаторлор үчүн сүйүктүү жана жөнөкөй аныктоо ыкмасы болуп саналат.Принципке келсек, мен бул жерде майда-чүйдөсүнө чейин айтпай эле коёюн.Көптөгөн лабораториялар азыр нуклеин кислотасынын үлгүлөрүн түздөн-түз сандык анализдөө үчүн ультра микро спектрофотометрлерди колдонушат.Абсорбциялык маанини көрсөтүүдө программа концентрация маанисин (нуклеин кислотасы, белок жана флуоресценттик боёк) жана ага байланыштуу катыштарды түздөн-түз берет.OD маанисин талдоо үчүн, бул сүрөттү сактаңыз жана сиз жакшы болосуз.

Universal OD мааниси чечим тизмеси

Бирок, сиз үчүн өзүнчө алып чыгышы керек болгон бир нече эскертүүлөр бар.

(Анткени, мен билем, сиз үнөмдөп, сизге керек болгонго чейин күтө турган адамдар болушуңуз керек!)

Эскертүү 1 Жабдуулар

OD мааниси ар кандай жабдуулар менен таасир этет.OD260 белгилүү бир диапазондо болсо, OD230 жана OD280 маанилери мааниге ээ.Мисалы, жалпы Eppendorf D30 260нмдеги абсорбция диапазону 0~3A, ал эми NanoDrop One of Thermo 260нм.0,5 ~ 62,5A жутуу диапазону.

Эскертүү 2Суюлтуу реагент

OD маанисине ар кандай реагенттерди суюлтуу таасир этиши мүмкүн.Мисалы, рНдагы тазаланган РНКнын OD260/280 көрсөткүчү7,5 10 мм Trisичинде буфер 1,9-2,1 ортосунда болотнейтралдуу суу эритмесикатышы төмөн болот, балким, болгону 1,8-2,0, бирок бул РНКнын сапаты Айырма өзгөрөт дегенди билдирбейт.

Эскертүү 3калдык заттар

Калдык заттардын болушу нуклеин кислотасынын концентрациясын өлчөөнүн тактыгына таасирин тийгизет, ошондуктан нуклеин кислотасынын үлгүлөрүндөгү протеин, фенол, полисахарид жана полифенол калдыктарынан мүмкүн болушунча качуу зарыл.

Бирок, чынында, органикалык реагенттер менен экстракция эски ыкма болуп саналат.Коммерциялык комплекттерде экстракция эффектисине центрифугалоо менен айкалышкан кремний диоксидинин негизиндеги адсорбциялык колонна аркылуу жетишүүгө болот, алып салуу кыйын болгон уулуу жана зыяндуу органикалык реагенттерден качуу ж.б.Foregene's нуклеин кислотасын экстракциялоо комплекти, операция учурунда DNase/RNase жана уулуу органикалык реагенттерди колдонбойт, тез жана коопсуз, жанатаасири болуп саналатжакшы(кокустан таз экен деп айтты, бирок билгиң келгенин билем).

1-мисал: ДНКнын геномдук экстракциясынын түшүмү жана тазалыгы

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) ар кандай булактардан алынган топурак үлгүлөрүн иштетет жана алынган геномдук ДНКнын көлөмү жана тазалыгы төмөнкү таблицада көрсөтүлгөн:
2-мисал: кыртыштын РНКсын экстракциялоонун түшүмү жана тазалыгы

Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) ар кандай кыртыш үлгүлөрүн иштетип, алынган РНКнын көлөмү жана тазалыгы төмөнкү таблицада көрсөтүлгөн (чычкан ткандары үчүн):
Бирок, сиз OD мааниси менен бүттү деп ойлобоңуз.Мен сиз үчүн алдыда тарткан негизги ойлорго кам көрөсүзбү?

Эскертүү

Фрагменттелген нуклеин кислотасынын молекулалары да абсорбентте эсептелинет.РНКда геномдук ДНК калдыктары бар деп ойлосоңуз, сиздин OD мааниси абдан жогору болуп көрүнөт, бирок РНКнын чыныгы концентрациясын аныктоо мүмкүн эмес.Сиздин РНКңыз барбы? Деградациянын бар-жогу белгисиз, андыктан биз дагы эле так баа берүү үчүн комплекстүү баалоо ыкмасына, башкача айтканда, MIQEде айтылган нуклеиндик кислотанын бүтүндүгүн баалоого муктажбыз.